【メインメンバー】
■セイナ：主人公の少女。
大人しい性格だが、気弱というより自分に自信がないだけ。
何者であるか分からないハーヴのため、地方を回っているというリユウ博士を追う。
ポケモントレーナーとして旅をするうちに、物怖じしなくなっていく。
□テイル：保護者としてセイナの旅に同行する青年。
冷静沈着な性格で、高いバトル技術を持つ。
ポケモンと会話ができる能力があるが、周囲には秘密にしている。
●ハーヴ：人間の言葉を話せる謎のポケモン。
性格はややお調子者であり、教えたがり屋の教師のような存在。
魂は元人間。本体のポケモン側にも自我があるが、姿はほぼ見せない。
とある理由でクチハテの神殿を探しつつも、本体ポケモンの正体を知るため、セイナ達に連れられる形でリユウ博士を追う。
【複数回登場キャラ】
□ミトリ：ボックスシステムを管理する会社の若き社長。穏やかで落ち着いた雰囲気の青年。
初めての旅に不安を抱くセイナの旅の後押しをしたり、その後も旅先で何度か出会うことになる。
とある目的を達成するために動いており、その一環で、セイナに特殊な腕輪とヒトカゲを渡す。
□エメラルド：ポケモン協会員であり捕獲屋を営む青年でテイルとは悪友。
調子のいい性格でありながら、臨機応変に対応する実力も持つ。
協会四天王アゼルの命で、セイナ達をひそかに監視している。
□アゼル：ポケモン協会四天王の一人で、皮肉屋な性格の青年。
白の組織の暗躍や、地方内に広まり始めている謎の薬（ウツロックス）について調査を行っている。
□シィ：虫ポケモンを使う少年で、「白の組織」における幹部の一人。
虫ポケモンを使い、人やポケモンを痛めつけては、苦痛に歪む姿を好むために暴れる。
■イナリ：ゴウカザルを使う女性で、「白の組織」における幹部の一人。
口が悪く大雑把な性格、目的以上の戦いはせず、仲間に対してはそこそこ情を持つ。
□サイハテ：白の組織における首領（ボス）。とある事情で半透明の姿になっており、ハーヴとは顔見知り。
■リユウ博士：モノクロ地方における『絆博士』で、他所の地方では各ポケモンの生息区域について調査研究していた。
シュコウシティの大学教授。のんびりおっとりした性格だが、人一倍好奇心旺盛。
脅迫の手紙を受けたにも関わらず、「生命の宿り木」を調査するため、助手を連れて地方内を歩き回っている。
■ワカナ：リユウ博士の助手、正確には大学のゼミ生徒。リユウ博士の出奔に付き合っている。
さっぱりした性格。トレーナーではあるが、ポケモンバトル以上に護衛としての体術が得意。
【各回登場】
（4話）
■ミヨコ：モエギシティの草タイプ使いのジムリーダー、穏やかな老婆。「愛情」の試練を担う。
セイナの持つ特殊な「ソウセイの腕輪」に心当たりがあったが、何者かの罠によって昏睡状態となってしまう。
（6話）
●？？？（ハーブの本体側のポケモン）：普段、セイナ達と会話しているハーブ（元人間）の魂がゴーストポケモン達に連れ去られたことによって目を覚ました存在。
他人とのなれ合いを拒絶するような態度だが、セイナ達を嫌っているわけではないように伺える。
9年前に、テイルと出会ったことがある。
（7話）
■ヨリカ：ランタウンのゴーストタイプ使いのジムリーダー、癖の強いテンション落差ある少女。「知識」の試練を担う。
知識のジムリーダーとしてセイナを見極め、想像以上の活躍に背中を押す。
ミヨコ同様、何者かの罠によって昏睡状態となってしまう。
（8話）
■ニナ：カナリアタウンの地面タイプ使いのジムリーダー、大人しいように見えて結構強引な性格の少女。「調和」の試練を担う。
白の組織に所属しているイナリとは親友（のつもり）。
セイナの試練を見届けた後、ミヨコ同様、何者かの罠によって昏睡状態となってしまう。
（9話）
□ジュウイチロウ：ウスハナシティの鋼タイプ使いのジムリーダー、口が悪くてぶっきらぼうな青年。「意思」の試練を担う。
祖母であるミヨコの昏睡に関わっていそうなセイナ達を見極めるため、町に着く前に接触する。
最終的にセイナの実力を認めたところで、ミヨコ同様、何者かの罠によって昏睡状態となってしまう。